Per poter capire come si evolve una labiopalatoschisi, è importante sapere come avvenga la normale formazione delle labbra del palato e della mascella.
Innanzitutto bisogna distinguere un palato detto primitivo ed un palato detto secondario.
Il palato primitivo 
si forma tra la quinta
e la settima settimana (da il 36° al 42° gg).
In questo periodo le porzioni premascellari
tendono ad unirsi medialmente e, dal segmen-
to intermascellare, (posto tra le due porzioni
premascellari) si formano tre componenti:
Labiale, che andrà a formare il così det-
to filtro del labbro superiore
Componente del mascellare superiore per
i quattro incisivi
componente palatina che forma il palato
primitivo
Il palato secondario si forma dall'innalzamento dei processi palatini dopo la sesta settimana. Durante la settima settimana si ha l'abbassamento dello abbozzo linguale. I processi palatini si uniscono nella decima settimana. La linea di unione termina nel foro incisivo che risulta essere l'unica parte non saldata del palato e anche il punto di divisione tra il palato primitivo e quello secondario.
La formazione della palatoschisi è da riferire ad un'errata conformazione del palato secondario, mentre la labioschisi a quella del palato primitivo.
La labioschisi si forma per un'inadeguata proliferazione mesodermica delle prominenze mascellare e intramascellari. Questo causa una debolezza del ponte epiteliale tra queste strutture, producendo una schisi.
Un'altra teoria proposta, consiste nel credere che l'epitelio che copre il mesenchima del premascellare e dell'intramascellare, non va incontro ad apoptosi e produce una barriera fisica alla fusione.
A secondo della locazione e dell'estenzione possiamo avere una labioschisi isolata o, più frequentemente, una labioschisi accompagnata da palatoschisi del palato primitivo.
Diverse sono le teorie sulla formazioni di schisi del palato secondario. Una consiste nella mancata crescita della mandibola che potrebbe inibire l'ascesa dei foglietti palatali. Un'altra, più comune, consiste nell'ipoplasia dei processi palatini o di un ritardo nell'elevazione degli stessi. Le cause di questi processi non sono state ancora del tutto chiarite.
Il fatto che la palatoschisi isolata sia più comune nelle femmine che nei maschi, molto probabilmente è dovuto ad un tardivo innalzamento dei foglietti palatali dei primi soggetti, lasciando il palato fissurato per un tempo maggiore, facendo così aumentare i rischi di danni dello sviluppo.
Oltre a problemi evolutivi, ci sono fattori genetici alla base della schisi orali. In molti casi è presente una predisposizione familiare.
Uno studio fatto all'università di Ferrara, ha scoperto alcuni cromosomi che avrebbero un ruolo fondamentale nei casi non sindromici di labiopalatoschisi. I cromosomi in questione sono il 6, precisamente il frammento 6p23 (CL+P Region), il 2 con il frammento 2p13, il 19 con il frammento 19q13 e poi i frammenti 4q25, 4q31 e 17q21. Un ruolo primario è svolto dai cromosomi 6 e 2 e dalla loro interazione. Il cromosoma 2 è risultato fortemente influenzato da cattive abitudini come il fumo, da carenze di vitamine e, soprattutto, da carenza di acido folico. Per quanto riguarda i restanti cromosomi, la loro funzione è ancora da stabilire ma si è certi di una loro compromissione nei casi di labiopalatoschisi.
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